案例

表观调控因子、激酶文库、肿瘤靶点基因文库、泛素链接酶基因文库以及各类信号通路的sgRNA慢病毒文库,100%覆盖率和有效性,助力原始创新

案例1:CRISPR基因组筛查信号通路研究中的作用

科学家发现各种信号通路可以对胚胎发育和器官形成进行精确的时空调控。近年来,CRISPR相关的基因编辑技术为研究人的发育提供了很好的平台。

研究者设计了由7万6千个余gRNA组成的文库,将它们转入ESC,靶向全基因组的每个基因。在激活基因编辑之后,他们使用激活素A和CHIR99021(GSK3抑制剂)诱导ESC向DE分化。接着他们以SOX17基因的表达量为标准,使用FACS将分化和未分化的细胞分开。研究者通过比较两种细胞中各种gRNA的比例发现了37个正向调控因子(促进分化)和28个逆向调控因子(阻止分化),并依次确认了其中的绝大部分。

在6个FDR<0.05的逆向调控因子中,有4个都处在JNK-JUN通路中,包括MEKK1、MKK4、MKK7和JUN。作为验证,研究者通过基因敲除和药物抑制使JNK-JUN通路失活,这也直接导致了DE的分化率大幅上升至90%以上。

最终研究者利用CRISPR/Cas技术筛选出调控DE分化的JNK-JUN通路,并阐释了JNK-JUN通路是通过结合ESC启动子来进行调控的。这项工作也揭示了CRISPR全基因组筛查在发育生物学研究中的价值。



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